Niş Kalesi, 1683-1699 yılları arasında gerçekleşen savaşlar sırasında önemli bir stratejik nokta olarak öne çıkmıştır. Savaşların getirdiği yıkım ve işgaller, kalenin mimarisini ve tarihini derinden etkilemiştir. Bu dönemde kalenin el değiştirmesi ve onarım çabaları, bölgedeki güç dengelerini de yansıtan karmaşık bir süreci ortaya koymaktadır.

1683-1699 savaşları sırasında Niş Kalesi, ağır tahribat görmüş ve büyük kısmı yok olmuştur.

• Avusturya işgali: 1689 yılında Avusturya eline geçmiş, ancak kısa bir süre sonra Osmanlı burayı tekrar geri almıştır (1690).
• Karlofça Antlaşması: Karlofça Antlaşmasını takip eden yıllarda birkaç defa kalenin tamiratı planlandıysa da sürekli ertelenmek durumunda kalınmıştır.
• Yeniden inşa: 1716 yılında Avusturya seferi hazırlıkları devam ederken, kalenin stratejik durumu dikkate alınarak yeniden tamirat işi başlatılmıştır.