Sultan Alparslan’ın türbesinin yeri, tarih boyunca birçok tartışmaya konu olmuştur. Ortaçağ kaynakları, büyük Selçuklu İmparatorluğu'nun kurucusunun Merv şehrinde gömüldüğünü öne sürse de, kesin bir konum belirlemek mümkün olmamıştır. Bu durum, türbenin bulunduğu yerin ve Alparslan’ın mirasının araştırılması açısından önemli bir mesele olarak güncelliğini korumaktadır.

Sultan Alparslan'ın türbesinin tam yeri bilinmemektedir. Ortaçağ tarih kaynaklarına göre, Alparslan'ın Merv şehrinde bilinen üç Cuma camisinden birine defnedildiği düşünülmektedir. Bu camilerin hangileri olabileceği konusunda farklı görüşler bulunmaktadır:

• Beni Mahan Cuma Camisi. Türkmen bilim insanı Tirkeş Hocaniyazov'un kazı çalışmaları sonucunda caminin planını tam olarak ortaya koyduğu bu yapı, türbe içeriyorsa bile günümüzde tespit edilememiştir.
• Mescid-i Atik (Köhne Mescid). 10. yüzyılın başında terk edildiği için bu yapı da olası bir türbe yeri olarak değerlendirilmemektedir.
• Macan Cuma Camisi. Merv'in merkezinde, Sultan Sencer Türbesi'nin yakınında bulunan bu caminin, türbenin olabileceği düşünülen yapı olduğu belirtilmektedir.

2000'li yıllarda bu camide yapılan arkeoloji kazılarında mezar yeri aranmış ancak bulunamamıştır.