Acemhöyük, Türkiye'nin tarihsel derinliklerinde yer alan önemli bir arkeolojik alan olarak dikkat çekmektedir. MÖ 3000 yıllarına kadar uzanan tarihi ile bu yerleşim, Asur Ticaret Kolonileri Çağı'nda zirveye ulaşmış ve sonraki dönemlerde çeşitli medeniyetlerin izlerini taşımıştır. Zamanla terk edilen bu höyük, günümüzde yapılan kazılarla geçmişin sırlarını gözler önüne sermektedir.

Acemhöyük'ün tarihi hakkında şu bilgiler verilebilir:

• Kuruluş. MÖ 3000 başlarında yerleşim alanı olarak seçilmiştir.
• En parlak dönem. Asur Ticaret Kolonileri Çağı'nda (MÖ 1950-1750) en parlak dönemini yaşamıştır. Bu dönemde yerleşim, höyüğün dışına, "aşağı kent"e yayılmıştır.
• Terk ediliş. MÖ 18. yüzyılda, nedeni bilinmeyen şiddetli bir yangın sonucu kent tamamen yanmış ve terk edilmiştir.
• Yeniden yerleşim. Uzun bir aranın ardından, Geç Demir Çağı'nda höyüğün bir bölümüne yeniden yerleşilmiş ve küçük bir yerleşim birimi olarak yaşamı Roma devri başına kadar sürdürmüştür.
• Osmanlı dönemi. Osmanlı Padişahı Yavuz Sultan Selim’in Çaldıran Seferi sonrasında, İran Azerbaycan’ından bölgeye getirilen üç oba, höyük eteklerine yerleşerek bugünkü Yeşilova’yı oluşturmuştur. Yerleşimin adı olan Acemhöyük de buradan gelmektedir.

Acemhöyük'teki ilk bilimsel kazılar, 1962 yılında Prof. Dr. Nimet Özgüç tarafından başlatılmıştır. Kazılar, Kültür Bakanlığı ve Türk Tarih Kurumu'nun desteğiyle yürütülmektedir. 1989 yılından itibaren Prof. Dr. Aliye Öztan başkanlığında sürdürülmektedir.